Jason Bourne hat sich mit seiner Freundin Marie nach Indien zurückgezogen, wo man ihn jäh aus seinem friedlichen Exil reist. Denn ein unbekannter Killer tötet seine Freundin. Genau dieser Killer hat in Berlin auch zwei CIA-Agenten während einer Mission ermordet und versucht dies nun Bourne anzuheften. Erneut auf der Fahndungsliste des CIA, macht sich Bourne auf den Weg nach Berlin, um seine Unschuld zu beweisen.