Im Endkampf schaffen es Professor Xavier und Raven Magneto auf ihre Seite zu ziehen. Als Apocalypse die Oberhand zu gewinnen droht, entfesselt Jean Grey zum ersten Mal ihre Kräfte. Stück für Stück wird Apocalypse aufgelöst, schneller als seine Regenerationskräfte ihn wieder heilen können. Nach dem Kampf verschwindet Psylock wortlos durch die vielen Trümmer. Zum Schluss sind alle Mutanten in der wieder aufgebauten Begabtenschule versammelt, auch jene, die zuvor noch auf der Seite von Apocalypse gestanden haben. Xavier und Magneto nehmen in respektvoller Haltung Abschied voneinander.