In der Area 51 aktivieren die Menschen eine Sonde, die die Aliens auf dem Mond hinterlassen haben. Diese Sonde dient der Rettung der Menschheit und wurde von einer anderen Spezies erschaffen, die ebenfalls von den Aliens angegriffen wurde. Die Aktivierung der Sonde wird von den Aliens registriert, woraufhin sie die Königin mit einer Jägerflotte zur Area 51 schicken. Das Signal der Sonde wird von den Menschen kopiert und in einen Düsenjet gesetzt, um die Aliens auf eine falsche Fährte zu locken. Das Manöver funktioniert, die Alienkönigin und ihr Mutterschiff werden raus in die Wüste gelockt, wo sich der ehemalige Präsident Whitmore opfert und das Schiff mittels einer Bombe zerstört. Die Königin überlebt die Explosion jedoch. Als sie versucht in die Area 51 einzudringen, wird sie von den Piloten Hiller und Morrison getötet. Nun führungslos geworden, verlassen die Aliens die Erde in ihrem gigantischen Raumschiff wieder. Mit dem Wissen, dass die Forscher nun aus der Sonde gewinnen können, sollen interstellare Reisen möglich gemacht werden, um einen Gegenangriff zu starten.