Der Geschäftsmann Howard Clifford hat auf einer Genforschungsstation Experimente an Pokémon durchgeführt. Hierfür hat er Mewtu fangen lassen, das mächtigste aller Pokémon. Mit dessen Kräften hat er ein Gas entwickelt, welches Pokémon binnen Sekunden in unkontrollierbare Kampfmaschinen verwandelt. Dieses Gas lässt Clifford während einer Parade in Ryme City entweichen. Zudem hat er durch einen hochtechnologisierten Helm seinen Geist in den Körper Mewtus übertragen können. Während Pikachu es schafft Mewtu in Schach zu halten, gelingt es Tim den Helm vom Kopf von Howard Clifford zu ziehen. Der skrupellose Geschäftsmann wird verhaftet, während Mewtu alle Schäden in der Stadt wieder rückgängig macht. Zudem offenbart Mewtu zuletzt, dass der Geist von Tims Vater die ganze Zeit über in seinem Pikachu gewesen ist. Mewtu holt nun auch den Körper von Harry Goodman wieder zurück. Am Schluss entschließt sich Tim nicht wieder zurückzureisen und stattdessen zu seinem Vater nach Ryme City zu ziehen.