Seit die junge Molly in ihrer Kindheit einem Alien zur Flucht verholfen hat, befindet sie sich auf der Suche nach der Geheimorganisation Men in Black. Eines Tages stößt sie in New York auf die Basis der Men in Black. Hals über Kopf tritt sie ein und schafft es die Behördenleiterin davon zu überzeugen, ihr eine Chance zu geben. Als Agent M tritt sie ihren ersten Einsatz in einer Zweigstelle in London an, wo sie dem arroganten und selbstsicheren Agent H zugeteilt wird. Gemeinsam versuchen sie einer Alienrasse auf die Spur zu kommen, die es auf eine Welten zerstörende Superwaffe abgesehen haben. Nebenbei haben sie auch noch mit einem Maulwurf zu kämpfen, der die MiB unterwandert haben soll.