Fünf Jahre nachdem die Riesenechse Godzilla halb San Francisco in Schutt und Asche gelegt hat, steht die Monster-Behörde Monarch in der Kritik, dafür wie sie mit den urzeitlichen Ungeheuern umgeht. Der Terrorist Alan Jonah, der die Menschheit selbst für die größte Gefahr unseres Planeten hält, entführt die Wissenschaftlerin Emma Russell, die ein Gerät entwickelt hat, mit dessen Signale man alle Monster auf der Erde unter Kontrolle halten kann. Mit Hilfe dieses Geräts will Jonah die unbändigen Kräfte aller verborgenen Monster entfesseln und die Menschheit dazu zwingen, sich mit den gigantischen Ungeheuern zu arrangieren. Monarch bittet Russells Ex-Mann Mark um Hilfe, der an der Entwicklung des Geräts beteiligt war, sich aber nur widerspenstig überreden lässt, an der Rettungsmission teilzunehmen. Schließlich befreien die Terroristen das Monster Gidora aus dem ewigen Eis der Antarktis. Dies könnte nun das Schicksal der Menschheit besiegeln, denn Gidora entpuppt sich als übermächtiges Monstrum, das alle anderen monströsen Geschöpfe wiedererwecken und kontrollieren kann. Die einzige Chance für die Menschheit zu überleben, ist nun der eigentlich gefürchtete Godzilla…