Eigentlich hatte die US Navy vor, Pete ’Maverick’ Mitchell aufgrund seiner jüngsten hochriskanten Flugeinheiten im Rahmen seiner Tätigkeit als Testpilot endgültig aus dem Dienst zu entlassen. Doch sein alter Kollege Iceman sorgt einmal mehr dafür, dass er eine weitere Chance erhält: Maverick wird erneut zu Top Gun abkommandiert. Dort soll er die besten Rekruten auf einen extrem gefährlichen Einsatz in einem Schurkenstaat vorbereiten, der einem Himmelfahrtskommando gleicht. Unter seinen Schützlingen die er ausbilden soll befindet sich auch Rooster, der Sohn seines verunglückten Freundes Goose. Im Verlauf des Trainings hat Maverick nicht nur mit seinen Vorgesetzten zu kämpfen, die seine waghalsigen Manöver nach wie vor wenig tolerieren. Auch der Umgang mit Rooster lässt alte Wunden aus der Vergangenheit aufkeimen…

Nach dem Tod von Iceman wird Maverick ohne dessen schützende Hand von seinen Aufgaben als Ausbilder entbunden. Unerlaubt verschafft sich Maverick daraufhin Zugang zu einem der Düsenjets und beweist seinen einstigen Vorgesetzten und Rekruten, dass man den geplanten Einsatz tatsächlich fliegen kann. Beeindruckt von seinem fliegerischen Können, beauftragt man Maverick daraufhin die Staffel beim tatsächlichen Einsatz anzuführen und sich die weiteren Piloten auszusuchen. Als Wingman wählt Maverick zur Überraschung aller Rooster aus. Das hochgefährliche Manöver glückt und die Atomwaffenbasis des Gegners kann erfolgreich zerstört werden. Beim Rückflug wird Maverick jedoch abgeschossen, als er Rooster vor einer feindlichen Rakete gerettet hat. Maverick überlebt den Absturz, wird am Boden jedoch von einem Kampfhubschrauber angegriffen. Rooster kehrt zurück und rettet Maverick in letzter Sekunde, indem er den feindlichen Helikopter abschießen kann. Dies hat jedoch Roosters Abschuss zur Folge, den er aber auch überleben kann. Am Boden kämpfen sich beide zur gegnerischen Basis durch, wo sie in einem Hangar das Auslaufmodell eines F14-Kampfjets übernehmen. Damit treten sie den Rückflug zum Flugzeugträger an. Unterwegs geraten sie jedoch in die Verfolgung der feindlichen Kampfjets, die der F-14 technologisch hochüberlegen sind. Maverick setzt all seine Erfahrung und sein fliegerisches Können ein, um die beiden gegnerischen Jets abzuschießen. Dies gelingt ihm. Als ihnen jedoch ein allerletzter feindlicher Flieger im Nacken sitzt, haben sie keine Abwehrraketen mehr und der Schleudersitz hat einen technischen Defekt. In dem Moment, als der feindliche Pilot Maverick und Rooster in seinem Fadenkreuz hat, wird er von Hangman abgeschossen, der den beiden vom Flugzeugträger aus zu Hilfe geeilt ist. Da die F-14 schwer beschädigt ist und zudem ihr Landerad verloren hat, muss Maverick das Flugzeug unsanft landen. Mittels eines Fangnetzes kann die Crew des Flugzeugträgers die Maschine zum stoppen bringen, ehe Maverick und Rooster wieder auf die Gruppe treffen und für ihren Einsatz gefeiert werden. Zum Schluss haben sich Maverick und Rooster wieder versöhnt und schrauben gemeinsam in einem Hangar an einem alten Flugzeug. Als die Barbesitzerin Penny auftaucht, fährt Maverick mit ihr in den Sonnenuntergang.