Seit Jahrhunderten herrscht eine Fehde zwischen den Assassinen und den Anhängern des Templerordens. Gegenstand des Konflikts ist der Apfel von Eden, ein Artefakt, welches jedem der es kontrolliert, die Macht verleiht, den freien Willen des Menschen zu kontrollieren. Wissenschaftler des Templerordens in der Gegenwart bewahren den Gewaltverbrecher Callum Lynch vor seiner Hinrichtung und verbringen ihn in ihre Forschungseinrichtung in Spanien. Unter Anleitung der Forscherin Sofia soll Callum nach dem sagenumwobenen Apfel von Eden suchen. Gelingen soll dies durch eine technische Vorrichtung, mit der Callum in den Körper seines Vorfahren von vor 500 Jahren schlüpft, der als Assassine zu jener Zeit den Apfel vor den Templern beschützt hat.